A história se passa depois dos eventos de todos os Silent hill, porém com um novo objetivo com o que restou de Silent hill.
Com a queda da Ordem, junto de Delilah Gillespie e Claudia Wolf. Silent Hill, em seu estado natural, parece querer retomar suas origens, com um novo culto e novos adoradores.
E assim conhecemos nossa protagonista: Mia Allen, que perdeu a mãe recentemente em um acidente de carro. Sobrando apenas a responsabilidade de cuidar de seu velório e burocracia.
A história começa com Mia indo de carro para seu destino, que seria a sua cidade natal, para lidar com a burocracia que sua mãe lhe deixou.
Porém, no caminho, seu carro bate e assim ela vai parar em Silent Hill.
Diferente dos acontecimentos anteriores, a névoa não existe mais, tomando conta de toda a cidade. Porém, apenas existe o medo de um lugar vazio e a desconfiança do que pode estar à espreita.
O que à espera? Quais são seus medos?